Produk Open Bioinformatics Foundation : BioJava 

MABBI – BioJava menyediakan Dazzle, kerangka kerja servlet yang mendukung spesifikasi Sistem Anotasi Terdistribusi untuk berbagi urutan data dan metadata. Versi 1.4 dari rilis BioJava mencakup kelas java untuk umum dan pemrosesan daftar simbol, alat untuk mengungkap keluaran analisis terkait ledakan, dan perangkat lunak untuk membuat dan memasang model Markov tersembunyi. Pada prinsipnya, salah satu dari sumber daya ini dapat digunakan untuk analisis di Biokonduktor/R melalui antarmuka SJava.
BioJava disusun pada tahun 1999 oleh Thomas Down dan Matthew Pocock sebagai Application Programming Interface (API) untuk perbaikan pengembangan perangkat lunak bioinformatika menggunakan Java. Sejak saat itu berkembang menjadi kerangka kerja berfitur lengkap dengan modul untuk melakukan banyak tugas bioinformatika umum. Tujuan BioJava adalah untuk memfasilitasi penggunaan kembali kode dan menyediakan standar implementasi yang mudah ditautkan ke skrip dan aplikasi eksternal.
BioJava adalah proyek sumber terbuka yang dikembangkan oleh sukarelawan dan dikoordinasikan oleh Open Bioinformatics Foundation (OBF). Ini adalah salah satu dari beberapa toolkit Bio*n
. Semua kode didistribusikan di bawah lisensi LGPL dan dapat digunakan dan digunakan kembali secara bebas dalam bentuk apa pun. BioJava adalah proyek yang matang dan telah digunakan di sejumlah aplikasi dunia nyata dan lebih dari 50 studi yang dipublikasikan. Situs web BioJava, menurut situs web pelacakan proyek Ohloh ( http://www.ohloh.net/projects/biojava ), basis kode BioJava mewakili upaya yang diperkirakan bernilai 47 orang-tahun.
BioJava berisi sejumlah API matang. Ada 10 yang paling sering digunakan adalah: (1) alfabet nukleotida dan asam amino, (2) parser BLAST, (3) urutan I/O, (4) pemrograman dinamis, (5) struktur I/O dan pemrosesan, (6) urutan penanganan, (7) algoritma genetika, (8) distribusi statistik, (9) antarmuka pengguna grafis dan (10) serialisasi ke database. Inti dari BioJava adalah API alfabet simbolik yang mewakili urutan sebagai daftar referensi ke objek simbol tunggal yang berasal dari alfabet. Daftar simbol disimpan jika memungkinkan dalam bentuk terkompresi hingga empat simbol per byte memori.
Pengguna biasa kemungkinan besar akan memulai dengan menggunakan urutan input/output API dan urutan model objek/fitur. Ini memungkinkan urutan untuk dimuat dari sejumlah file format umum seperti FASTA, GenBank dan EMBL, secara opsional dimanipulasi dalam memori, kemudian disimpan lagi atau diubah menjadi format yang berbeda. (Tri/MABBI)