Category: protein bioinformatics dan precision medicine
-
Identifikasi Inhibitor PimA dari Steroid Laut Indonesia
Tingkat kematian akibat tuberkulosis (tuberculosis/TB) masih menjadi permasalahan kesehatan global, terutama di negara-negara berkembang termasuk Indonesia. Salah satu faktor utama yang memperburuk situasi ini adalah munculnya resistensi terhadap pengobatan konvensional serta tingginya angka koinfeksi dengan virus penyebab acquired immunodeficiency syndrome (human immunodeficiency virus/HIV). Kondisi tersebut mendorong para ilmuwan untuk terus mengeksplorasi dan mengembangkan kandidat obat…
-
Eksplorasi Jamur Endofit Tanaman Hutan sebagai Sumber Senyawa Bioaktif Antimikroba dan Antioksidan
Meningkatnya resistensi antimikroba yang disebabkan oleh berkembangnya strain mikroba yang kebal terhadap berbagai jenis antibiotik telah memicu kebutuhan mendesak akan eksplorasi sumber bioaktif baru dari alam. Dalam dekade terakhir, perhatian ilmiah bergeser pada mikroorganisme endofit, khususnya fungi (jamur) yang hidup bersimbiosis di jaringan tanaman tanpa menyebabkan gejala penyakit. Endofit jamur (endophytic fungi) diyakini memiliki kemampuan…
-
Deteksi Dini Resistensi Antibiotik melalui Profil Mikrobioma Rumah Sakit
Lingkungan rumah sakit merupakan habitat unik yang membentuk dinamika mikrobioma tersendiri, dipengaruhi oleh aktivitas manusia, intensitas kebersihan ekstrem, serta penggunaan antibiotik yang tinggi. Kombinasi antara keberadaan pasien dengan berbagai kondisi kesehatan, interaksi dengan petugas medis, serta paparan terhadap permukaan dan udara yang dibersihkan secara intensif, menciptakan tekanan selektif yang sangat spesifik terhadap komunitas mikroba yang…
-
Manfaat Tersembunyi Spesies Asing di Desa Enklave Tengger
Keberadaan spesies asing invasif atau Invasive Alien Species (IAS) telah lama dikenal sebagai ancaman serius terhadap keanekaragaman hayati, ekosistem alami, serta fungsi ekologis di berbagai belahan dunia. Namun, dalam konteks tertentu, kehadiran spesies ini justru menciptakan dinamika yang unik, terutama ketika dikaitkan dengan aspek sosial dan ekonomi masyarakat lokal. Studi kasus yang dilakukan oleh Endratno…
-
PredictONCO Inovasi Web untuk Onkologi Presisi Berbasis AI
Berdasarkan paparan Jan Stourac dan kolega, PredictONCO 1.0 tampil sebagai inisiatif revolusioner yang mengombinasikan bioinformatika, komputasi lanjut, dan kecerdasan buatan demi mendukung pengambilan keputusan klinis dalam onkologi presisi. Sebagai platform daring yang ramah pengguna, PredictONCO merancang alur kerja terotomatisasi yang mampu menganalisis dampak mutasi tipe missense pada 44 protein yang umum terlibat dalam berbagai kanker —…
-
GINCOVNET Prediksi Interaksi Obat dan Target Secara Presisi
Berlandas pada tantangan klasik dalam penemuan obat, yaitu identifikasi interaksi obat–target (drug‑target interaction/DTI) secara cepat dan akurat, peneliti Maryam, Kil To Chong, dan Hilal Tayara memperkenalkan GINCOVNET—suatu jaringan saraf graf berlapis multimodul yang mengintegrasikan data genomik, proteomik, dan struktural dalam satu kerangka kerja terpadu. Model ini dirancang untuk mengatasi keterbatasan metode komputasi tradisional yang hanya mengandalkan satu jenis…
-
Deep Learning untuk Prediksi Fungsi Protein
Berangkat dari tantangan utama dalam bioinformatika yaitu meramalkan fungsi protein berdasarkan data sekuens, struktur, interaksi, dan informasi relevan lainnya, Frimpong Boadu, Ahhyun Lee, dan Jianlin Cheng menghadirkan tinjauan mendalam terhadap evolusi metode pembelajaran mendalam (deep learning) dalam domain ini. Dalam beberapa dekade terakhir banyak pendekatan komputasi telah muncul, namun revolusi AI—terutama deep learning—telah menciptakan percepatan tajam dalam kemampuan…
-
AlphaFold Terkini Membuka Era Baru Prediksi Struktur Protein
Di masa kini, kemampuan memprediksi struktur protein secara akurat telah memasuki babak baru yang ditandai oleh perkembangan AlphaFold‑terkini—sebuah pendekatan yang memanfaatkan kecerdasan buatan guna menyusun model 3‑dimensi protein dengan ketepatan yang sebelumnya hanya mungkin dicapai melalui eksperimen kristalografi atau spektroskopi. AlphaFold‑terkini membuka cakrawala baru dalam pemahaman interaksi biomolekuler, memungkinkan analisis mendalam terhadap mekanisme enzim, regulasi…
-
Terapi Molekuler Penyakit Neurodegeneratif Terkini
Revolusi dalam dekoding neurodegenerasi kini semakin jelas melalui tinjauan mekanisme molekuler dan kemajuan terapi pada penyakit Alzheimer, Parkinson, dan amyotrophic lateral sclerosis (ALS). Uraian ini menegaskan bahwa kerangka multi‑jalur patologis—meliputi agregasi protein yang salah lipat, neuroinflamasi kronik, disfungsi mitokondria, stres oksidatif, hingga kelainan genetik dan epigenetik—memberikan wawasan mendalam terkait progresi neuronal yang terus menerus rusak…
-
Mutasi Filamin C dan Biomarker LpPLA2 pada Penyakit Jantung
Analisis menggunakan next‑generation sequencing (NGS) pada lipoprotein‑associated phospholipase A₂ (Lp‑PLA₂) membuka wawasan baru dalam risiko dan diagnosis penyakit kardiovaskular sekaligus menggabungkan studi in‑silico pada mutasi G1676R pada domain 14–15 protein Filamin C untuk memahami implikasi fungsionalnya. Temuan ini menegaskan bahwa hasil sekuensing Lp‑PLA₂ dari sampel darah dapat mengindikasikan kerentanan pembentukan plak aterosklerotik, sedangkan pemetaan mutasi…