MABBI – Position-Specific Iterative (PSI)-BLAST adalah metode pencarian profil urutan protein yang membangun keberpihakan yang dihasilkan oleh program BLASTp. Iterasi pertama dari pencarian PSI-BLAST identik dengan menjalankan program BLASTp. Ini kemudian menghasilkan beberapa penyelarasan dari pasangan dengan skor tertinggi dari BLASTp yang berjalan di atas skor preset tertentu atau ambang nilai-e dan menghitung profil atau matriks skor spesifik posisi (PSSM) dari beberapa penyelarasan. PSSM menangkap pola konservasi dalam penyelarasan dan menyimpannya sebagai matriks skor untuk setiap posisi dalam penyelarasan posisi yang sangat terkonservasi menerima skor tinggi dan posisi yang terkonservasi lemah menerima skor mendekati nol.
PSSM ini digunakan untuk mencari kecocokan baru lebih lanjut di database, dan diperbarui untuk iterasi berikutnya dengan urutan yang baru terdeteksi ini. Dengan demikian, PSI-BLAST menyediakan sarana untuk mendeteksi hubungan yang jauh antara protein. Penggunaan PSI-BLAST dan memberikan tutorial tentang cara mengungkap hubungan jarak jauh antara protein dan menggunakannya untuk mencapai kesimpulan yang bermakna secara biologi.
PSI-BLAST (Position-Specific Iterative Basic Local Alignment Search Tool) memperoleh matriks penilaian posisi-spesifik (PSSM) atau profil dari penyelarasan urutan berganda dari urutan yang terdeteksi di atas ambang skor yang diberikan menggunakan protein-protein BLAST. (Tri/MABBI)
Leave a Reply