Marka Molekuler Simple Sequence Repeats (SSR)

MABBI – Marka Molekuler Simple Sequence Repeats (SSR) adalah bagian kecil dari sekuens DNA yang dapat membedakan genome (Zulfahmi, 2013). SSR digunakan untuk mempermudah identifikasi dengan menggunakan sekuens yang pendek serta menentukan taksa dari sampel yang diamati dan variasi pada jenis yang belum diketahui sebelumnya (Sunaryo, 2015). SSR juga digunakan untuk seleksi karakter yang diinginkan dan memudahkan proses pemuliaan tanaman (Nugroho et al., 2015).
SSR merupakan marka molekuler yang dikembangkan dari DNA genom dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). SSR atau mikrosatelit memiliki panjang 1-5 pasang basa yang berulang secara berurutan (Yuliasti & Reflinur, 2015). Kelebihan SSR adalah memiliki sifat kodominan dan tingkat polimorfisme tinggi sehingga banyak digunakan untuk analisis keragaman genetik (Dossett, Bassil, Lewers & Finn, 2012). Namun, pada tahap pemilihan primer perlu dilakukan screening dan optimasi terlebih dahulu karena setiap tanaman memiliki karakteristik spesifik yang berbeda dan kemungkinan terjadinya slippage selama proses amplifikasi sehingga ukuran produk hasil amplifikasi berbeda dari ukuran produk sebenarnya.
Marka SSR dapat dibedakan berdasarkan jenis sekuens yang digunakan, yakni genomik SSR dan EST-SSR. Ada beberapa kekurangan dari marka genomik SSR jika dibandingkan dengan marka EST-SSR. Marka genomik SSR berasal dari daerah intergenik pustaka genome bacterial artificial chromosome (BAC) yang diketahui tidak mempunyai fungsi gen, memerlukan biaya yang tinggi serta prosedur pengembangannya yang sulit dan kompleks (Izzah, 2014). Di sisi lain, EST-SSR lebih konservatif karena berasal dari daerah pengkode (Coding regions), sehingga memiliki transferabilitas yang tinggi (Wei et al., 2011). (Tri/MABBI)