MABBI – Geneious adalah sebuah aplikasi bioinformatika user-friendly yang mengintegrasikan berbagai aplikasi analisis data genomik. Platform ini menyediakan semua alat biologi molekuler dan analisis urutan yang dibutuhkan organisasi. Apakah Anda ingin meningkatkan produktivitas, meningkatkan visibilitas dan wawasan, atau mengurangi kesalahan dan risiko ketika membuka nilai dalam data lab. Geneious menyediakan workflows standar siap pakai dan memberikan fitur pembuatan workflows sesuai dengan kebutuhan metode penelitian bioinformatika.
Workflows yang tersedia adalah workflows yang umum digunakan dalam analisis genomik. Fungsi-fungsi utama dalam workflows adalah berupa pembuatan workflows baru, edit, copy, dan delete. Selain itu, workflows dapat di-export untuk digunakan pada pengguna Geneious atau pada komputer lainnya. Workflows dari sumber ketiga juga dapat digunakan dengan menggunakan fungsi import.
Geneious terdiri atas 9 fitur utama, yaitu: (1) Assembly & Mapping; (2) NGS Visualization & Analysis; (3) Alignment; (4) Analysis & Anotation; (5) Phylogenetic Trees; (6) Molecular Cloning; (7) Primer Design; (8) Database Searching; dan (9) Workflows.
Berikut adalah penggunaan beberapa workflows yang sering digunakan dalam penelitian bioinformatika:
1. Align DNA then build tree. Workflow ini diawali dengan eksekusi fungsi alignment pada beberapa sequences DNA menggunakan algoritma MUSCLE, lalu hasil alignment dilakukan eksekusi fungsi tree builder menggunakan algoritma Geneious Tree Builder. Hasil akhir workflow ini digunakan untuk menilai kedekatan filogeni antara beberapa sequences DNA (misal, gen).
2. Align DNA via Muscle, ClustalW, and Geneious Workflow ini mengeksekusi tiga algoritma DNA alignment sekaligus dalam satu perintah. Hasil workflow ini untuk membandingkan hasil alignment satu algoritma dengan lainnya.
3. Identify organism. Workflow ini digunakan untuk mengidentifikasi organisme dari DNA sequences. Identifikasi dilakukan menggunakan aplikasi BLAST yang tersedia dalam bentuk plugin dalam aplikasi Geneious. Workflow ini akan menunjukkan organisme yang memiliki kesesuaian sequences paling dekat dengan sequences yang diidentifikasi. Hanya hasil dengan kesesuaian tertinggi (Top Hit) yang akan ditampilkan dalam hasil workflow ini.
4. Map reads then find variations/SNPs. Workflow ini membutuhkan sebuah genom referensi sebagai peta. Beberapa buah reads/sequences dari suatu genom sampel akan dipetakan pada genom referensi yang berasal dari organisme yang sama. Hasil pemetaan ini akan dibandingkan kembali dengan genom referensi untuk melihat variasi genetik pada organisme tersebut. Genom referensi biasanya diperoleh dari database NCBI.
5. Map reads to each reference sequence. Workflow ini membutuhkan beberapa buah genom referensi. Satu atau lebih reads/sequences akan dipetakan pada lebih dari satu genom referensi. Hasil pemetaan ini digunakan untuk membedakan hasil pemetaan pada masing-masing genom referensi.
6. Sequence Search, Align, and Build Tree. Workflow ini menggabungkan dua workflows sebelumnya, Align DNA then build tree dan Identify organism. Diawali dengan mengeksekusi pencarian kemiripan sequences beberapa sampel dengan database menggunakan BLAST, lalu sampel-sampel yang memiliki kemiripan sequences akan digabungkan dan dilakukan alignment menggunakan algoritma MUSCLE. Setiap hasil alignment akan diproses untuk membentuk pohon filogeni menggunakan algoritma Geneious Tree Builder. Dari beberapa buah sequences sampel akan diperoleh hasil akhir berupa beberapa pohon filogeni sampel yang memiliki kemiripan sequences. (Tri/MABBI)
Leave a Reply