Identifikasi Potensi Target Obat dengan PharmMapper

MABBI – PharmMapper adalah server web untuk identifikasi target obat potensial dengan farmakofor terbalik yang mencocokkan senyawa kueri dengan basis data model farmakofor internal. Farmakofor merupakan bagian dari suatu senyawa yang berinteraksi dengan reseptor khusus. Versi asli PharmMapper mencakup lebih dari 7000 farmakofor target yang berasal dari struktur kristal kompleks dengan anotasi target protein yang sesuai. Pada artikel ini, versi baru dari server web PharmMapper tahun 2017, dengan basis data farmakofor backend enam kali lebih besar dari yang sebelumnya, dengan total 23.236 protein yang mencakup 16.159 model farmakofor yang dapat diobat dan 51.431 model farmakofor yang dapat diligandasikan. Data target yang diperluas mencakup 450 indikasi dan 4800 fungsi molekuler dibandingkan dengan 110 indikasi dan 349 fungsi molekuler dalam pembaruan terakhir kami. Selain itu, server web baru disatukan dengan peringkat bermakna secara statistik dari target obat yang diidentifikasi, yang dicapai melalui penggunaan skor standar. Ini juga menampilkan antarmuka pengguna yang ditingkatkan. 

PharmMapper Server adalah server web yang dapat diakses secara bebas yang dirancang untuk mengidentifikasi kandidat target potensial untuk molekul kecil probe yang diberikan (obat-obatan, produk alami, atau senyawa lain yang baru ditemukan dengan target pengikatan yang tidak teridentifikasi) menggunakan pendekatan pemetaan farmakofor. Diuntungkan dari metode pemetaan yang sangat efisien dan kuat, PharmMapper memiliki kemampuan throughput yang tinggi dan dapat mengidentifikasi kandidat target potensial dari database dalam beberapa jam.

Server PharmMapper adalah server web yang dapat diakses secara bebas yang dirancang untuk mengidentifikasi kandidat target potensial untuk molekul kecil yang diberikan (obat-obatan, produk alami atau senyawa lain yang baru ditemukan dengan target pengikatan yang tidak teridentifikasi) menggunakan pendekatan pemetaan farmakofor. PharmMapper menghosting repertoar database pharmacophore internal yang besar (yaitu PharmTargetDB) yang dianotasi dari semua informasi target di Target Bank, BindingDB, DrugBank, dan database target obat potensial, termasuk lebih dari 7000 model farmakofor berbasis reseptor (mencakup lebih dari 1500 informasi target obat). PharmMapper secara otomatis menemukan pose pemetaan terbaik dari molekul kueri terhadap semua model farmakofor di Pharm Target DB dan mencantumkan hit paling cocok N teratas dengan anotasi target yang sesuai, serta masing-masing pose selaras molekul disajikan. Diuntungkan dari metode pemetaan hashing segitiga yang sangat efisien dan kuat, PharmMapper memiliki kemampuan throughput yang tinggi dan hanya membutuhkan waktu rata-rata 1 jam untuk menyaring seluruh Pharm Target DB. Protokol berhasil menemukan target yang tepat di antara 300 kandidat farmakofor teratas dalam uji tolok ukur retrospektif tamoxifen. PharmMapper secara gratis diakses melalui http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/ (Tri/MABBI)


Posted

in

by

Tags:

Comments

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *