DNA Metabarcoding

MABBI – Metabarcoding DNA adalah pendekatan identifikasi spesies hemat biaya dengan potensi besar untuk membantu ahli ekologi entomologi. Tinjauan ini menyajikan panduan praktis untuk membantu ahli ekologi entomologi merancang studi metabarcoding DNA mereka sendiri dan memastikan bahwa kesimpulan ekologi yang baik dapat diperoleh.

Metabarcoding DNA adalah pendekatan pengembangan yang mengidentifikasi beberapa spesies dari sampel campuran (bulk DNA atau eDNA) berdasarkan high-throughput sequencing (HTS) dari penanda DNA tertentu. Ini berbeda dari barcode DNA konvensional (biasanya berdasarkan sekuensing DNA Sanger dari spesimen individu) karena jumlah data sekuens DNA yang diturunkan oleh HTS memungkinkan taksonomi untuk secara cepat ditetapkan ke banyak spesies yang ada dalam sampel. Metabarcoding DNA dengan cepat muncul sebagai pendekatan yang hemat biaya untuk lingkungan pengambilan sampel studi skala besar di mana kendala identifikasi spesies berbasis morfologi konvensional tidak praktis secara logistik atau finansial.

Alur kerja metabarcoding DNA secara intrinsik berbeda dari pendekatan identifikasi invertebrata konvensional karena mereka menggunakan DNA sebagai proksi untuk deteksi spesies. Memahami karakteristik utama dari alur kerja ini sangat penting untuk memandu keputusan tentang metodologi. Pertama, metabarcoding DNA bergantung pada pengumpulan sampel dan metode penanganan yang memastikan pengawetan DNA. Kedua, karena alur kerja metabarcoding DNA rutin terdiri dari beberapa langkah laboratorium (yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi PCR, dan pengurutan DNA), diperlukan pengetahuan teknis yang memadai dan pilihan berdasarkan informasi pada setiap langkah untuk deteksi spesies yang andal. Ketiga, menafsirkan data HTS membutuhkan keterampilan bioinformatika khusus. Untuk ahli entomologi tanpa keterampilan atau fasilitas untuk melakukan analisis genetik sendiri, sebagian besar aspek alur kerja metabarcoding DNA dapat dialihkan ke laboratorium komersial. (Tri/MABBI)