Asosiasi Bioclipse Internasional mendukung Bioclipse 

MABBI – Bioinformatika dalam Bioclipse terutama menyangkut manajemen dan analisis urutan biologis (DNA, RNA, dan protein). Bioinformatika di Bioclipse sangat bergantung pada BioJava, yang menyediakan fungsionalitas inti bioinformatika, dan editor grafis untuk penyelarasan urutan. Berbagai klien untuk layanan Web juga tersedia untuk memfasilitasi pengunduhan misalnya sekuens dan anotasi biologis, serta untuk analisis bioinformatika. Proyek Bioclipse adalah platform visual berbasis Java, open-source, untuk kemoterapi dan bioinformatika berdasarkan Eclipse Rich Client Platform (RCP). Itu memperoleh fungsionalitas skrip pada tahun 2009, dan versi baris perintah pada tahun 2021. Seperti aplikasi RCP lainnya, Bioclipse menggunakan arsitektur plugin yang mewarisi fungsionalitas dasar dan antarmuka visual dari Eclipse, seperti sistem bantuan, pembaruan perangkat lunak, preferensi, penerapan lintas platform, dll. Melalui pluginnya, Bioclipse menyediakan fungsionalitas untuk kemoterapi dan bioinformatika, dan titik ekstensi yang dapat dengan mudah diperluas oleh plugin lain, yang mungkin berpemilik, untuk menyediakan fungsionalitas tambahan.
Rilis stabil pertama Bioclipse menyertakan plugin Chemistry Development Kit (CDK) untuk menyediakan backend chemoinformatic, plugin Jmol untuk visualisasi molekul 3D, dan plugin BioJava untuk analisis urutan. Baru-baru ini, platform R, menggunakan StartER, dan OpenTox telah ditambahkan. Bioclipse dikembangkan sebagai kolaborasi antara Proto Chemometric Group, Dept. of Pharmaceutical Biosciences, Universitas Uppsala, Swedia, Grup Christoph Steinbeck di Institut Bioinformatika Eropa, dan Departemen Kimia Analitik di Universitas Leiden, tetapi juga mencakup ekstensi yang dikembangkan di lembaga akademik lainnya , termasuk Institut Karolinska dan Universitas Maastricht. Pengembangan ini didukung oleh Asosiasi Bioclipse Internasional. Bioclipse Scripting Language (BSL) adalah lingkungan scripting, saat ini berdasarkan JavaScript dan Groovy. Itu memperluas bahasa scripting dengan manajer yang membungkus fungsionalitas perpustakaan pihak ketiga, seperti yang disebutkan di atas. Skrip ini menyediakan sarana untuk membuat analisis di Bioclipse dapat dibagikan, misalnya di MyExperiment.org. Bioclipse mendefinisikan sejumlah tipe data inti yang didukung manajer, memungkinkan informasi digunakan di antara para manajer ini. (Tri/MABBI)