Sejak pertama kali diidentifikasi pada akhir 2019, sindrom pernapasan akut berat corona virus 2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2/SARS-CoV-2) telah mengalami evolusi yang signifikan, menghasilkan berbagai varian dengan tingkat infektivitas dan resistensi imun yang berbeda. Studi ini bertujuan untuk menganalisis evolusi genomik SARS-CoV-2 di Maroko berdasarkan urutan genom lengkap yang dikumpulkan dari tahun 2020 hingga 2024.
Data sekuens genom SARS-CoV-2 diperoleh dari Global Initiative for Sharing All Influenza Data (GISAID). Sebanyak 2.630 sekuens dianalisis menggunakan perangkat lunak bioinformatika seperti Nextclade, yang memungkinkan pengelompokan klad, identifikasi mutasi, serta analisis filogenetik. Data kemudian difilter berdasarkan kualitas sekuens, menghasilkan 1.989 sekuens yang digunakan untuk analisis lebih lanjut. Studi ini juga melakukan korelasi antara mutasi dalam protein struktural dan non-struktural menggunakan analisis statistik berbasis Pearson.
Hasil analisis menunjukkan bahwa sejak November 2021, klad GRA (Omicron) menjadi varian dominan, menggantikan klad sebelumnya seperti G, GH, GR, dan GRY. Klaster ini menunjukkan jumlah mutasi non-sinonim tertinggi, terutama pada gen Spike (S), yang menandakan adanya tekanan evolusi yang kuat. Secara keseluruhan, mutasi pada gen S mencapai 38.667, sementara mutasi pada protein non-struktural seperti NSP2, NSP3, dan NSP5 juga memiliki frekuensi tinggi.
Distribusi geografis menunjukkan bahwa wilayah dengan kepadatan penduduk tinggi, seperti Casablanca-Settat dan Rabat-Sale-Kenitra, memiliki jumlah sekuens genom yang lebih banyak dibandingkan wilayah lain. Studi ini juga mengonfirmasi bahwa pengenalan awal SARS-CoV-2 di Maroko berasal dari kasus impor dari Italia pada Maret 2020. Klad G mendominasi pada awal pandemi sebelum digantikan oleh varian Alpha (B.1.1.7) dan Delta (B.1.617.2), yang masing-masing muncul pada awal 2021 dan pertengahan 2021.
Analisis korelasi antara protein struktural dan non-struktural menunjukkan hubungan erat antara protein S dan NSP5, yang berperan dalam replikasi dan perakitan virus. Hubungan ini mengindikasikan bahwa mutasi dalam kedua protein ini dapat mempengaruhi efisiensi replikasi virus serta potensi penularannya. Selain itu, adanya mutasi yang berulang pada klad Omicron memperlihatkan strategi adaptasi virus dalam menghadapi tekanan imunologi dan lingkungan.
Penelitian ini menyoroti dinamika evolusi SARS-CoV-2 di Maroko dalam kurun waktu empat tahun. Dominasi varian Omicron dengan tingkat mutasi yang tinggi menggarisbawahi pentingnya pengawasan genomik secara terus-menerus untuk memahami pola penyebaran dan mengantisipasi potensi lonjakan kasus di masa depan. Korelasi antara mutasi dalam protein struktural dan non-struktural dapat menjadi landasan untuk penelitian lebih lanjut mengenai strategi adaptasi virus serta implikasinya terhadap kebijakan kesehatan masyarakat.
Sumber:
Leave a Reply