DNA barcoding merupakan salah satu metode inovatif dalam identifikasi spesies tumbuhan yang telah merevolusi pendekatan tradisional dalam penelitian biodiversitas. Teknik ini memungkinkan identifikasi organisme secara cepat dan akurat melalui sekuensing segmen DNA spesifik yang disebut sebagai barcode. Dalam konteks konservasi dan penelitian ekologi, pembangunan basis data referensi DNA barcode menjadi langkah krusial untuk meningkatkan akurasi identifikasi spesies, terutama bagi flora yang belum banyak terdokumentasi di dalam database global.
Studi terbaru dalam kerangka InBIO Barcoding Initiative (IBI) dan proyek Agrivole telah berhasil mengembangkan database referensi DNA barcoding untuk tumbuhan vaskular di wilayah Trás-os-Montes, Portugal. Basis data ini terdiri dari 632 sampel tumbuhan vaskular yang telah diidentifikasi secara morfologis dan diklasifikasikan ke dalam 435 spesies. Jumlah ini mewakili 14% dari total spesies tumbuhan yang diketahui di Portugal serta 38,7% dari total spesies di area studi. Data yang diperoleh memperkaya literatur genetik tumbuhan, dengan 61,7% dari 1781 sekuens barcode yang dihasilkan mengandung informasi baru. Sebanyak 254 sekuens (13,6%) merupakan tambahan baru bagi database publik seperti GenBank dan Barcode of Life Data System (BOLD), sementara 438 sekuens (24,6%) merupakan catatan baru bagi spesies tertentu.
Proses penyusunan basis data ini dilakukan melalui serangkaian tahapan yang ketat, mulai dari pengambilan sampel di lapangan hingga analisis bioinformatika. Sampel dikumpulkan dari berbagai ekosistem agroforestri, khususnya perkebunan zaitun yang memiliki hubungan ekologis erat dengan komunitas mamalia kecil. Setiap spesimen dikonservasi di Herbarium Museum of Natural History and Science of the University of Porto (MHNC-UP), sementara sekuens DNA yang diperoleh disimpan dalam basis data daring yang dapat diakses secara publik.
Penelitian ini menggunakan dua penanda molekuler utama, yaitu internal transcribed spacer 2 (ITS2) dan kloroplas trnL intron (trnL-ef dan trnL-gh). ITS2 dikenal sebagai salah satu penanda yang luas digunakan dalam DNA barcoding tumbuhan, sedangkan trnL sering digunakan dalam studi DNA metabarcoding karena kemampuannya dalam mengamplifikasi DNA yang telah terdegradasi. Keberhasilan amplifikasi menunjukkan bahwa 594 sampel berhasil diperoleh untuk ITS2, 590 untuk trnL-ef, dan 597 untuk trnL-gh, dengan total 541 sampel yang teramplifikasi oleh ketiga penanda tersebut.
Kontribusi utama penelitian ini terletak pada peningkatan akurasi identifikasi spesies melalui pendekatan DNA barcoding yang komprehensif. Data yang dihasilkan tidak hanya berguna bagi studi ekologis lokal tetapi juga memiliki implikasi yang lebih luas dalam konservasi, filogeni, dan manajemen ekosistem. Penggunaan metode berbasis DNA memungkinkan identifikasi tumbuhan dengan lebih cepat dan objektif dibandingkan metode konvensional yang bergantung pada karakter morfologi.
Selain itu, penelitian ini memiliki signifikansi dalam memahami hubungan ekologis antara tumbuhan dan mamalia kecil di wilayah Trás-os-Montes. Melalui analisis DNA metabarcoding pada feses mamalia kecil, informasi mengenai pola makan dan preferensi habitat dapat diperoleh secara lebih akurat. Hal ini sangat penting dalam manajemen konservasi spesies serta pengelolaan lanskap pertanian agar lebih berkelanjutan.
Dengan basis data yang terus diperbarui, penelitian ini diharapkan dapat menjadi model dalam pengembangan referensi DNA barcoding untuk wilayah lain yang memiliki kekayaan biodiversitas tinggi tetapi masih kurang terdokumentasi. Langkah selanjutnya mencakup perluasan koleksi sampel ke habitat lain yang belum terjelajahi serta pengembangan metode analisis yang lebih canggih untuk mendukung upaya konservasi berbasis data genetika. Secara keseluruhan, integrasi antara teknologi DNA barcoding dan upaya konservasi telah membuka peluang baru dalam studi biodiversitas dan ekologi. Basis data yang dihasilkan oleh proyek IBI dan Agrivole tidak hanya memperkaya pengetahuan mengenai flora Portugal tetapi juga memberikan kontribusi signifikan dalam pemahaman lebih luas tentang keanekaragaman hayati dan strategi pengelolaannya di tingkat global.
Sumber:
Leave a Reply