Penyakit sindrom miokarditis (CMS) yang disebabkan oleh virus miokarditis ikan (PMCV) merupakan masalah serius dalam budidaya salmon Atlantik (Salmo salar L.). Sejak kemunculan kembali CMS di Kepulauan Faroe pada tahun 2013, jumlah wabah CMS yang dilaporkan terus meningkat. Namun, keragaman genetik PMCV, jalur transmisi, dan trajektori evolusinya masih belum sepenuhnya dipahami. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan karakterisasi genetik yang komprehensif terhadap virus PMCV di Kepulauan Faroe, melacak kemunculannya kembali pada tahun 2013 dan penyebarannya yang meningkat.
Dalam penelitian ini, penulis mengembangkan metode pengurutan genom utuh berbasis amplicon yang cepat untuk PMCV langsung dari sampel lapangan. Hasilnya, 48 genom baru berhasil dihasilkan, menambah satu genom yang sebelumnya sudah ada. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa genom-genom yang mewakili salmon budidaya di Kepulauan Faroe membentuk klad monofiletik yang homogen dibandingkan dengan genom PMCV dari Norwegia dan Irlandia. Homogenitas genom Faroe ini diperkuat dengan analisis komponen utama, di mana tidak ditemukan pengelompokan genotipe berdasarkan waktu atau lokasi, maupun berdasarkan asal telur atau smolt. Satu genom dari salmon liar yang kembali menunjukkan perbedaan yang signifikan dari yang lainnya dan membentuk kelompok luar.
Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa ketiga ORF (open reading frame) pada genom PMCV menunjukkan tanda-tanda pemilihan pemurnian, meskipun ORF3 menunjukkan tingkat tekanan selektif yang lebih rendah. Selain itu, tidak ditemukan substitusi asam amino yang menentukan virulensi dalam genom Faroe, karena tidak ada hubungan yang ditemukan antara kasus CMS dan substitusi atau motif asam amino tertentu. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa PMCV diperkenalkan ke Kepulauan Faroe dari Norwegia, di mana ikan induk yang terinfeksi diketahui ada. Namun, meskipun terdapat peningkatan impor telur dari Norwegia, hasil penelitian ini menunjukkan tidak ada reintroduksi berkelanjutan dari strain PMCV yang bertahan pada salmon budidaya di Kepulauan Faroe.
Penyakit CMS ditandai dengan degenerasi miokard yang parah dan progresif, yang dapat menyebabkan kematian pada salmon Atlantik yang lebih besar, terutama pada tahun kedua di laut. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa CMS adalah penyakit yang dapat ditularkan, dan PMCV diidentifikasi sebagai agen penyebabnya. Meskipun kasus CMS dilaporkan di Norwegia sejak tahun 1985 dan di Kepulauan Faroe sejak tahun 1992, deteksi PMCV tidak terjadi hingga tahun 2013 setelah periode tanpa laporan yang panjang. Penelitian ini menyoroti pentingnya pemahaman yang lebih dalam tentang epidemiologi PMCV untuk mengembangkan strategi mitigasi yang efektif.
Metode yang digunakan dalam penelitian ini melibatkan pengambilan sampel dari 22 lokasi produksi salmon, termasuk ikan liar yang kembali. Sampel-sampel ini dikumpulkan oleh otoritas atau perusahaan budidaya selama periode 12 tahun. Analisis filogenetik dilakukan dengan menggunakan 17 genom referensi dari wabah CMS di Norwegia dan Irlandia. Hasil analisis menunjukkan bahwa klad PMCV dari Kepulauan Faroe memiliki dukungan bootstrap yang tinggi, menunjukkan bahwa virus ini memiliki asal yang sama dan menyebar secara lokal di antara lokasi budidaya.
Salah satu temuan penting dari penelitian ini adalah bahwa meskipun ada peningkatan jumlah kasus CMS, tidak ada pola transmisi yang jelas berdasarkan asal telur atau smolt, lokasi pengambilan sampel, atau tahun. Hal ini menunjukkan bahwa setelah pengenalan awal PMCV ke Kepulauan Faroe, penyebaran lokal di antara lokasi budidaya menjadi penyebab utama infeksi baru. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa tidak ada bukti reintroduksi berkelanjutan dari strain PMCV yang baru, yang menegaskan pentingnya biosekuriti dalam produksi salmon Atlantik.
Dalam konteks ini, penting untuk dicatat bahwa PMCV tidak terdeteksi di Chile atau Islandia, meskipun ada impor telur dari Norwegia. Penelitian ini menegaskan bahwa meskipun ada spekulasi tentang kemungkinan transmisi vertikal dari induk ke keturunan, bukti yang ada menunjukkan bahwa transmisi horizontal lebih mungkin terjadi. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa pengobatan dan sistem budidaya yang efektif untuk PMCV belum tersedia, yang menghambat pengembangan vaksin.
Secara keseluruhan, penelitian ini memberikan wawasan baru tentang epidemiologi PMCV di Kepulauan Faroe dan menyoroti perlunya langkah-langkah biosekuriti yang lebih ketat untuk mencegah penyebaran penyakit ini. Dengan pemahaman yang lebih baik tentang jalur transmisi dan evolusi virus, diharapkan dapat dikembangkan strategi yang lebih efektif untuk mengatasi CMS dan melindungi industri budidaya salmon Atlantik di masa depan. Penelitian ini juga membuka jalan bagi studi lebih lanjut tentang peran salmon liar sebagai vektor potensial untuk PMCV, meskipun hasil analisis menunjukkan bahwa salmon liar tidak berfungsi sebagai sumber utama penularan virus ini. Dengan demikian, penting bagi para peneliti dan praktisi di bidang akuakultur untuk terus memantau dan mengevaluasi risiko yang terkait dengan PMCV dan penyakit menular lainnya. Penelitian ini menekankan bahwa pemahaman yang mendalam tentang genetik dan epidemiologi virus dapat membantu dalam pengembangan strategi mitigasi yang lebih baik dan lebih efektif untuk melindungi kesehatan ikan dan keberlanjutan industri akuakultur secara keseluruhan.
Sumber:
Leave a Reply