Author: admin
-
Identifikasi Singlet dan Evaluasi Algoritma Duplet dalam scRNAseq dengan Kode Batang DNA Sintetis
Kemajuan teknologi Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) telah memungkinkan analisis ekspresi gen dengan resolusi tinggi, tetapi keberadaan duplet dapat mengganggu interpretasi data. Kode batang DNA sintetis telah dikembangkan sebagai metode inovatif untuk mengidentifikasi sel tunggal (singlet) dalam dataset scRNA-seq dan mengevaluasi algoritma deteksi duplet. Penelitian ini memperkenalkan singletCode, sebuah kerangka kerja berbasis kode batang DNA yang…
-
Visualisasi Metagenomik dan Metatranskriptomik untuk Analisis Komunitas Mikroba
Metagenomik dan metatranskriptomik merupakan pendekatan yang sangat penting dalam mengungkap keanekaragaman mikroba dan dinamika ekspresi gen dalam lingkungan yang kompleks. Namun, besarnya volume data yang dihasilkan menimbulkan tantangan dalam pengolahan, analisis, dan interpretasi. Visualisasi data memegang peranan sentral dalam mempermudah pemahaman struktur komunitas mikroba serta fungsi biologi yang terlibat. Artikel ini mengulas secara komprehensif berbagai…
-
Evolusi Genomik SARS CoV 2 di Maroko dan Dinamika Variasi Genetik
Sejak pertama kali diidentifikasi pada akhir 2019, sindrom pernapasan akut berat corona virus 2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2/SARS-CoV-2) telah mengalami evolusi yang signifikan, menghasilkan berbagai varian dengan tingkat infektivitas dan resistensi imun yang berbeda. Studi ini bertujuan untuk menganalisis evolusi genomik SARS-CoV-2 di Maroko berdasarkan urutan genom lengkap yang dikumpulkan dari tahun 2020…
-
Estimasi Kelembaban Daun dengan Model Empiris dan Pembelajaran Mesin
Kelembaban daun merupakan faktor kritis dalam epidemi penyakit tanaman, terutama dalam ekosistem yang mengalami gradien iklim. Studi ini membandingkan efektivitas model empiris dengan metode pembelajaran mesin untuk memperkirakan durasi kelembaban daun di lanskap liar. Menggunakan data meteorologi dari berbagai stasiun cuaca serta pencitraan drone, penelitian ini mengevaluasi bagaimana kelembaban daun berkorelasi dengan kondisi mikroklimat serta…
-
Metabarkoding eDNA untuk Biodiversitas Eukariotik di Zona Es Marginal Selat Fram Arktik
Perubahan iklim telah memberikan dampak signifikan terhadap ekosistem laut, terutama di wilayah Samudra Arktik yang sensitif terhadap peningkatan suhu dan hilangnya es laut. Penurunan habitat es laut mempengaruhi produksi primer dan dinamika komunitas biota laut, terutama di zona es marginal (Marginal Ice Zone/MIZ). MIZ merupakan ekosistem yang sangat dinamis dan berfungsi sebagai zona transisi antara…
-
Regulasi dan Potensi Terapeutik microRNA dalam Hepatocellular Carcinoma
Hepatocellular carcinoma (HCC) merupakan salah satu bentuk kanker hati primer yang paling umum dengan angka morbiditas dan mortalitas yang tinggi secara global. Meskipun berbagai strategi terapi telah dikembangkan, efektivitas pengobatan masih terbatas akibat resistensi terhadap kemoterapi dan tingginya tingkat metastasis. MicroRNA (miRNA) telah muncul sebagai regulator utama dalam patogenesis HCC, mempengaruhi jalur sinyal yang terlibat…
-
Keanekaragaman Genetik dan Ketahanan Kapas terhadap Perubahan Iklim
Keanekaragaman genetik memiliki peran penting dalam peningkatan adaptasi tanaman kapas (Gossypium hirsutum) terhadap perubahan iklim. Dalam beberapa dekade terakhir, tantangan biotik dan abiotik telah menyebabkan penurunan produksi kapas secara global. Penyempitan basis genetik akibat domestikasi telah menciptakan hambatan signifikan dalam pengembangan varietas yang lebih tahan terhadap kondisi lingkungan ekstrem. Oleh karena itu, eksploitasi sumber daya…
-
Dinamika Sel Punca Pluripoten Hofstenia dalam Regenerasi Tubuh
Regenerasi merupakan proses biologis fundamental yang memungkinkan organisme untuk memperbaiki atau menggantikan jaringan yang rusak atau hilang. Dalam berbagai kelompok hewan, regenerasi dimungkinkan oleh adanya populasi sel punca yang memiliki kemampuan untuk berdiferensiasi menjadi berbagai jenis sel. Meskipun banyak hewan memiliki kemampuan regenerasi yang terbatas, beberapa invertebrata seperti cacing pipih (planaria), tunikata, dan cnidaria memiliki…
-
Adaptasi Metabolik Evolusi Genetik dan Epigenetik dalam Vertebrata Liar
Metabolisme merupakan landasan utama kehidupan dan berperan penting dalam evolusi adaptif organisme. Seiring perkembangan teknologi sekuensing throughput tinggi, mekanisme genetik dalam evolusi adaptif, termasuk adaptasi metabolik, telah terungkap melalui pendekatan omics. Namun, pemahaman yang mendalam mengenai adaptasi metabolik dari perspektif genetik dan epigenetik masih terbatas. Studi mengenai adaptasi metabolik pada vertebrata liar sangat penting dalam…
-
Genome Mining untuk Penemuan Metabolit Sekunder Endofit
Dalam dekade terakhir, eksplorasi metabolit sekunder dari mikroorganisme telah mengalami kemajuan pesat dengan penerapan berbagai pendekatan genomik dan metagenomik. Genome mining menjadi salah satu teknik utama yang memungkinkan identifikasi biosynthetic gene cluster (BGC) yang berpotensi menghasilkan senyawa bioaktif baru. Dengan metode ini, para peneliti dapat menemukan dan mengkarakterisasi jalur biosintetik yang sebelumnya tidak terdeteksi melalui…